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类对植物的认识最早可以追溯到旧石器时代，人类在寻找食物的过程中采集了植物的种子、茎、根和果实。植物学的创始人是泰奥弗拉斯托斯，在他的著作《植物历史》（也称《植物调查》）中将植物进行了分类。

希腊医生迪奥科里斯的著作《药物论》（De Materia Medica）为以后药用植物的使用奠定了基础。1593年中国明朝的李时珍也完成了《本草纲目》的编写。17世纪末英国生物学家约翰•雷确立了现代植物分类的基本原理。17世纪，出现了各式各样的显微镜，开创了植物解剖学的研究，随后植物生理学和植物胚胎学也得到进一步的发展，到19世纪中期植物学各分支学科已基本形成。

中国近代植物植物分类学的奠基人是胡先骕，编写了中国第一部中文《高等植物学》，发现了中国的“活化石”水杉，并将其命名。

早期的植物学

植物学的历史包括几个早期文明的著作与植物分类。例如古代印度的宗教著作，古代琐罗亚斯德教的著作，及古代中国的著作。秦汉时期的《神农本草经》是中国最早的药用植物志。古希腊亚里士多德的学生泰奥弗拉斯托斯被视为植物学的创始人。他发明并描述了许多现代植物学的原理。他的两个主要著作《植物历史》和《植物本原》是古代和中世纪的植物学的重要组成部分，其后的17个世纪一直占重要的地位。1世纪希腊医生迪奥科里斯的著作《植物志》（De Materia Medica），是一本共5卷的药草百科全书，对其后的1500多年有广泛的影响。中世纪的伊斯兰世界的著作包括Ibn Wahshiyya的Nabatean Agriculture，Abū Ḥanīfa Dīnawarī的Book of Plants和Ibn Bassal的The Classification of Soils。13世纪早期，Abu al-Abbas al-Nabati和Ibn al-Baitar也有植物学的著作。

早期的现代植物学

德国医生莱昂哈特•福克斯是三位德国植物学之父之一，其余两位是奥托•布伦费尔斯和希罗宁姆斯•博克。瓦列里乌斯•科达斯在1546年所写的Dispensatorium是药典中的经典著作。康拉德•格斯纳和尼可拉斯•卡尔培柏也写了药用植物的著作。乌利塞•阿尔德罗万迪被认为是“自然历史之父”，他的研究内容包括植物。1665年，罗伯特•胡克从树皮切了一片软木薄片，并放到自己发明的显微镜观察到了细胞。1690年约翰•雷首次给物种下定义，依据花和营养器官的性状进行分类，并用一个分类系统处理了18000种植物。1935年，卡尔•林奈出版了《自然系统》一书，在这本书中，林奈把自然界分成植物界、动物界和矿物界，并将动物和植物按纲、目、属、种、变种5个等级归类，特别是他在1953年发表的《植物种志》中对7300种植物正式使用了双名法进行命名。

随着植物解剖学和植物形态学及生命周期的知识的发展，人们意识到植物间的亲缘不止是林奈所描述的那样。 米歇尔•阿丹森（1763）， 安托万•罗兰•德朱西厄（1789）和奥古斯丁•彼拉姆斯•德堪多（1819）所提出的分类系统调整得到广泛的接受。进化论中的自然选择概念的提出，使人们开始了植物的进化关系和系统发育分类的研究。

马蒂亚斯•雅各布•施莱登1838年发表了《植物发生论》（Grundzuge der Wissenschaftlichen），书中指出细胞是植物的结构单位，这本书对植物学有很大的影响。【19】 卡尔•路德维希•韦尔登诺分析了种子散布与分布，植物种群，地质历史的影响之间的联系，并开创了植物地理学。 1831年罗伯特•布朗发现了细胞核。

现代植物学

近30多年来，分子生物学和近代技术科学，以及数学、物理学、化学的新概念和新技术被引入到植物学领域，植物学科在微观和宏观的研究上均取得了突出成就，无论在研究的深度和广度上都达到了一个新的水平。当今相当多的新知识都是从研究模式植物而来的，如拟南芥。这种十字花科的杂草物种是最早的基因组测序植物之一。水稻基因组相对较小，同时国际水稻基因定序工程也把它定为重要的谷物/草/单子叶植物模型。另一个草物种二穗短柄草也是一个有助理解遗传学，细胞学和分子生物学的实验模型。对其他重要的商业主粮如小麦， 玉米， 大麦， 黑麦，御谷和大豆都有基因组测序。其中部分植物对基因组测序是一个挑战，因为他们的染色体中有两个以上的单倍体。另外，一种绿色水藻莱茵衣藻作为模式生物，给细胞生物学提供了重要的知识。